Конечно, недостатки бывают разные. Но чаще бывает, что недостатки - оборотная сторона сильных сторон.
Бороться с недостатками = бороться с сильной стороной, и это чаще не производительно.
Ученик должен объективно знать свои недостатки, уметь их использовать в выигрышном свете или бороться с ними - в зависимости от ситуации. Ему можно помогать лишь немного, фиксируя: сейчас его недостаток помог, а здесь мешал. Лень может быть мотиватором создания нового, аккуратность перейти в занудство и буквоедство, Наоборот тоже возможно - отличные творческие замыслы перерождаются в маниловщину и мечтательность, а буквоед создаёт программу автоматической проверки орфографии.

Правда, это ответ без учёта ограниченности возможностей - то есть когда ты являешься по настоящему авторитетом для ученика, и сам уделяешь ученику достаточно времени (дипломник, аспирант). В рамках работы с группами ситуация сложнее, ведь задача - добиться усвоение некоторого материала. Тут скорее я проявляю свои недостатки, и не скрываю этого. А задача ученика - адаптироваться к недостаткам конкретного преподавателя наиболее эффективно. Преподавателей у него обычно не меньше, чем ярких достоинств и недостатков.